Решение о создании молодежной миссии «Чистое сердце» было принято архиепископом Тадеушем Кондрусевичем, Митрополитом Минско-Могилевским. Задача миссии - это социальная работа среди молодёжи, нуждающихся и других уязвимых групп населения, а так же реализация и проповедование христианских ценностей в современном обществе на территории Республики Беларусь.

Миссия «Чистое сердце» была зарегистрирована в государственных органах как юридическое лицо 11 ноября 2011г.